Projektassistent (6 mån) vid molekylärbiologiska institutionen
Umeå universitet, Medicinska fakulteten / Biologjobb / Umeå
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla biologjobb i Umeå,
Vännäs,
Nordmaling,
Vindeln,
Robertsfors eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Umeå universitet, Medicinska fakulteten i Umeå,
Örnsköldsvik,
Skellefteå,
Luleå,
Sundsvall eller i
hela Sverige Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 300 medarbetare och 31 500 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.
Medicinska fakulteten är platsen för forskning och utbildning inom vetenskapsområdet medicin. Här finns 12 grundutbildningsprogram, 13 institutioner och ett 80-tal ämnesinriktningar inom forskarutbildningen.
Vi söker en projektassisten i bioinformatik vid molekylärbiologiska institutionen.
Tjänsten är 6 månader med start 2017-09-01 eller enligt överenskommelse.
Handledare: Gemma C. Atkinson, Institutionen för Molekylärbiologi, och Umeå Centre for Microbial Research, Umeå Universitet, Sverige
Bakgrund och beskrivning av arbetsuppgifter:
När bakterier stöter på stressfulla förhållanden så omprogrammerar de sin intracellulära fysiologi för att öka sina chanser att överleva tills miljön blir gynnsam igen. En av de sätt som de gör detta på är att producera de intracellulära signalmolekylerna ppGpp och pppGpp (går under samlingsnamnet (p)ppGpp), som förändrar genuttrycksprofilen för cellen genom att interagera med flera processer (through interactions with multiple targets). (p)ppGpp produceras av enzymer från RelA-SpoT Homologue (RSH) superfamiljen, vars evolution vi kategoriserade 2011.
Det aktuella projektet gäller den del av RSH superfamiljen bestående av Small Alarmone Synthetases (SASs). För tillfället har man hittat 12 olika klasser av SAS, som har utvecklats genom gen-duplicering och horisontell genöverföring. Flera av dessa SAS klasser kan förekomma i samma bakterie. Det är inte känt varför bakterier bär flera SAS, och vad deras funktion är in vivo. Först nyligen så har detaljer kring SAS-regleringen uppmärksammats och vi har i samarbete med Hauryliuklaboratoriet upptäckt att SAS RelQ från patogenen Entercoccus faecalis regleras in vitro både av enkelsträngat RNA och dess produkt pppGpp [2]. Detta väcker frågor angående hur generell denna typ av reglering är bland olika SAS, vilka sekvens- och strukturregioner som är inblandade samt vilka RNA de binder i levande celler. Vi kommer att försöka besvara dessa frågor genom bioinformatiska analysmetoder, som att genomföra analyser av den molekylära evolutionen av SAS samt analysera NGS-data från SAS-bundna RNA-fragment.
Detta är en pilotstudie i syfte att undersöka projektets lämplighet för bidragsansökan, doktorsexamen eller postdoc-projekt. Målen är att:
1) Karaktärisera SAS-diversiteten i bakterier, förbättra och uppdatera våra tidigare klassificeringar, använda det betydande antalet nya genomsekvenser som finns tillgängliga.
2) Utveckla verktyg för fylogenetisk profilering, för att förutsäga aspekter av diverse funktioner som sedan kan testas experimentellt.
3) Bestäm sekvensspecificiteten av RNA-bindning med hjälp av att analysera NGS-data av SAS-bundna RNA-fragment.
Den valda kandidaten kommer att utforma och genomföra analyser av genomiska (NGS), RNA- och proteinsekvenser för att senare presentera resultaten.
Publiceringsdatum2017-06-22KvalifikationerDu som söker ska ha en universitetsexamen motsvarande magisterexamen i molekylärbiologi från ett europeiskt universitet vid tidpunkten för rekryteringen (240 hp). Kvalificerade är också de som avslutat åtta terminer av läkar- eller tandläkarprogrammet, inklusive medicinsk kemi, cell- och molekylärbiologi, genetik, fysiologi, mikrobiologi eller de som har förvärvat motsvarande kunskaper i Sverige eller utomlands.
Du bör vara mycket motiverad, har mycket god kommunikationsförmåga med gruppledare och kollegor samt förmågan att samverka effektivt och arbeta produktivt i ett team såväl som förmågan att arbeta självständigt. Du har tidigare erfarenhet av bioinformatik och dator programmering (t.ex. Python Perl)och har ett starkt intresse för molekylärbiologi och evolution. Du måste vara skicklig i både muntlig och skriftlig kommunikation på engelska.
Ansökan
Du ansöker genom vårt rekryteringssystem . Din ansökan ska innehålla följande dokument skrivna på engelska eller svenska:
- En CV med information om utbildning, en förteckning över tidigare och nuvarande anställningar, och en lista över publikationer.
- Ett följebrev som beskriver forskningserfarenhet och intressen, motivation för ansökan om doktorandtjänst
- Kontaktuppgifter för en till tre referenser.
Mer om oss
Atkinson labb är en del av Umeå Centre for Microbial Research (UCMR). Du hittar mer om oss på:
www.ucmr.umu.se and
www.molbiol.umu.se/english. Referenser
- Atkinson GC, Tenson T, Hauryliuk V: The RelA/SpoT homolog (RSH) superfamily: distribution and functional evolution of ppGpp synthetases and hydrolases across the tree of life. PLoS ONE 2011, 6(8):e23479.
- Beljantseva J, Kudrin P, Andresen L, Shingler V, Atkinson GC, Tenson T, Hauryliuk V: Negative allosteric regulation of Enterococcus faecalis small alarmone synthetase RelQ by single-stranded RNA. Proc Natl Acad Sci U S A 2017, 114(14):3726-3731.
Välkommen med din ansökan!
Umeå universitet vill erbjuda en miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vid varje rekrytering strävar vi efter ökad mångfald och använder möjligheten till positiv särbehandling.
Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.
Varaktighet, arbetstid
100%. Tillträde: 2017-09-01 eller enligt överenskommelse. Visstidsanställning till 2018-02-28
ErsättningMånadslön
Så ansöker duSista dag att ansöka är 2017-08-13
Ange följande referens när du ansöker: AN 2.2.1-1270-17
Klicka på denna länk för att göra din ansökanKontaktDr Gemma Atkinson
gemma.atkinson@umu.seFöretagUmeå universitet, Medicinska fakulteten
AdressUmeå universitet, Medicinska fakulteten
Umeå universitet
90187 Umeå
KontorsadressUmeå universitet
Jobbnummer 3570889
Observera att sista ansökningsdag har passerat.