Postdoktor i djupinlärning för protein-protein interaktioner
Stockholms Universitet / Kemistjobb / Stockholm
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla kemistjobb i Stockholm,
Solna,
Lidingö,
Sundbyberg,
Danderyd eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Stockholms Universitet i Stockholm,
Solna,
Sundbyberg,
Sollentuna,
Täby eller i
hela Sverige vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista dag att ansöka är 2023-08-31.
Institutionens lokaler ligger huvudsakligen i Arrheniuslaboratorierna tillsammans med de andra kemiinstitutionerna och andra institutioner inom naturvetenskapliga fakulteten. Närmare 300 personer, varav ungefär 70 doktorander, är för närvarande verksamma vid institutionen. Forskningen är av absolut världsklass och spänner över flera stora områden.
Projektbeskrivning
Proteiners struktur är avgörande för att förstå deras funktion samt för att utveckla läkemedel. Nyligen utvecklades en djupinlärningsmetod som kan förutsäga strukturen hos de flesta proteiner. Metoden är numera fritt tillgänglig och en databas med förutspådd struktur har släppte. Proteiner agerar dock inte ensamma - de agerar tillsammans med andra proteiner. Därför är nästa stora utmaning att använda dessa typer av maskininlärningsmetoder för att förutsäga protein-protein-interaktioner. Inledande studier från oss har visat att det är möjligt att förutsäga strukturer för en stor del av dimera proteiner med antingen en modifierad version av AlphaFold2 eller AlphaFold-multimer. Men det finns fortfarande många proteiner som inte kan byggas exakt, inte heller kan vi alltid skilja interagerande från icke-interagerande proteinpar och att bygga större komplex exakt är fortfarande ett olöst problem.
Elofsson arbeterar på Science for Life Laboratory. Elofsson har arbetat med förutsägelser om proteinstruktur i mer än två decennier. Han har arbetat med olika tekniker, både med hjälp av maskininlärning och andra beräkningstekniker. Hans viktigaste bidrag för detta arbete är de metoder han har utvecklat för att identifiera kvaliteten på proteinmodeller, Pcons och olika versioner av ProQ. Gruppen består för närvarande av 5 doktorander och en senior forskare.
Grupperna har tillgång till Berzelius-datorn (finansierad av KAW). Berzelius är en NVIDIA® SuperPOD som består av 60 NVIDIA® DGX-A100 beräkningsnoder från Atos. Varje DGX-A100-nod är utrustad med 8 NVIDIA® A100 Tensor Core GPU:er, 2 AMD EpycTM 7742 CPU:er, 1 TB RAM och 15 TB lokal NVMe SSD-lagring. A100 GPU:erna har 40 GB inbyggt HBM2 VRAM.
Utvalda referenser:
• Baldassarre, Federico; Menéndez Hurtado, David; Elofsson, Arne; Azizpour, Hossein; GraphQA: protein model quality assessment using graph convolutional networks Bioinformatics 37 3 360-366 2021
• Bryant, Patrick; Pozzati, Gabriele; Elofsson, Arne; Improved prediction of protein-protein interactions using AlphaFold2 Nature communications 13 1 1265 2022
• Burke, David F; Bryant, Patrick; Barrio-Hernandez, Inigo; Memon, Danish; Pozzati, Gabriele; Shenoy, Aditi; Zhu, Wensi; Dunham, Alistair S; Albanese, Pascal; Keller, Andrew; Towards a structurally resolved human protein interaction network Nature Structural & Molecular Biology 30 2 216-225 2023
• Bryant, Patrick; Pozzati, Gabriele; Zhu, Wensi; Shenoy, Aditi; Kundrotas, Petras; Elofsson, Arne; Predicting the structure of large protein complexes using AlphaFold and Monte Carlo tree search Nature Communications 13 1 6028 2022
• Bryant, Patrick; Elofsson, Arne; EvoBind: peptide binder design with inverse folding and protein structure prediction 2023
Publiceringsdatum2023-08-01Dina arbetsuppgifterProjektet består av tre delar (1) Identifiering av alla mänskliga proteoformer, (2) identifiering av alla protein-protein-interaktioner, och (3) modellering av alla proteinkomplex. En kritisk del av denna anställning är att samordna arbetet inom dessa delprojekt.
Behörighetskrav
Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.
Bedömningsgrunder
Examen ska vara avlagd senast då anställningsbeslutet fattas, dock högst tre år före sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl, kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.
Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Lämpliga bakgrunder är en doktorsexamen inom datavetenskap, bioinformatik eller ett närliggande område. Goda programmerings- och ledningsförmåga, kunskap om proteiner och djupinlärning är fördelar.
Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock minst två år och högst tre år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde eller enligt överenskommelse.
Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.
Kontaktuppgifter för detta jobbUpplysningar om anställningen lämnas av professor Arne Elofsson, tfn 070-695 10 45,
arne@bioinfo.se.
Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64,
saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/OFR), tfn 08-16 34 89,
alejandra@st.su.se, samt
seko@seko.su.se (SEKO).
Så ansöker duDu söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.
När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter
• dina kontakt- och personuppgifter
• din högsta examen
• dina språkkunskaper
• kontaktinformation för 2-3 referenspersoner
och att bifoga följande dokument
• personligt brev
• CV - examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
• projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 3 sidor) som beskriver:
• varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
• varför och hur du vill bedriva projektet
• vad som gör dig lämplig för det aktuella projektet
• kopia av bevis på doktorsexamen
• eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
• egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).
Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.
Välkommen med din ansökan!
Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.
Ersättning Individuell lönesättning
Så ansöker du Sista dag att ansöka är 2023-08-31
Klicka på denna länk för att göra din ansökan Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Stockholms Universitet (org.nr 202100-3062),
http://www.su.se Arbetsplats Stockholms universitet
Jobbnummer 7997602
Observera att sista ansökningsdag har passerat.