1-2 Postdoktorer bioinformatik eller datavetenskap
Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi / Laborantjobb / Uppsala
2025-02-14
Visa alla laborantjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi i Uppsala,
Stockholm eller i
hela Sverige Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.
a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och det teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här:
http://www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologiPubliceringsdatum2025-02-14Dina arbetsuppgifterVi söker en postdoktor inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller datavetenskap. Forskargruppen är kopplad till SciLifeLab och ingår i National Program for Datadriven Life Science (DDLS), generöst finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Kandidaten kommer att arbeta i Marcel Tarbiers labb (
https://www.scilifelab.se/researchers/marcel-tarbier/). Vår forskning är fokuserad på beräkningsmetodutveckling (statistiska metoder och maskininlärning) för encellsgenexpressionsdata (såsom encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik och in situ-sekvensering) för att härleda komplexa cellegenskaper. De två huvudprojekten som kandidaten kommer att arbeta i syftar till att sluta sig till cellulära härstamningsförhållanden respektive cellulära mikromiljöer. Detta uppnås genom ett datadrivet tillvägagångssätt, där stora komplexa datamängder dissekeras kvantitativt och subtila signaturer kopplas till ytterligare observationer. Detta i sin tur lägger grunden för tillämpningar inom precisionsmedicinrelaterade humanbiopsier och cancerheterogenitet. Kandidaten kommer att ha möjlighet att individuellt driva projektet framåt och utveckla sin egen forskningslinje samt att utöka sin kompetens i skärningspunkten mellan statistik, programmering och biologi.
KvalifikationerDoktorsexamen i beräkningsbiologi, bioinformatik, biostatistik, datavetenskap, tillämpad statistik, maskininlärning, bioteknik, molekylärbiologi/medicin eller motsvarande eller en utländsk examen som bedöms motsvara samma doktorsexamen. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
Kunskaper i skärningspunkten mellan matematik, programmering och biologi krävs. Den sökande bör ha erfarenhet inom två av dessa områden och ett intresse av att lära sig om det återstående.
Kandidaten krävs att ha goda kunskaper i R- eller python-programmering samt erfarenhet av utveckling av originalkod och algoritmer för dataanalys. Erfarenhet av statistik, hantering av stora datamängder (kvantitativa, 100-tals funktioner, 100-tals objekt), dataanalys och visualisering förväntas. Flytande engelska i skrift och tal är nödvändig.
Meriterande:
• Erfarenhet av encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik eller in situ sekvensering
• Erfarenhet av att hantera tekniska och andra fördomar i data och av att hantera komplexa data med inbördes beroende funktioner
• Erfarenhet av HPC, parallellisering och hantering av stora datamängder
• Erfarenhet av inferens av egenskaper (t.ex. att sluta sig till en icke observerad extern faktor genom dess fotavtryck i data, d.v.s. transkriptionsfaktoraktivitet från RNA-sekvenseringsdata)
• Erfarenhet av multi-omics integration, maskininlärning eller RNA pseudo-tids- och hastighetsanalyser
Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala
Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel Tarbier,
marcel.tarbier@igp.uu.seVälkommen med din ansökan senast den 14 mars 2025, UFV-PA 2025/357.
Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.
Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.
Ersättning Individuell lönesättning
Så ansöker du Sista dag att ansöka är 2025-03-14
Klicka på denna länk för att göra din ansökan Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2025/357".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)
Arbetsplats Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi
Jobbnummer 9165297