Forskare i metagenomik

Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik / Biologjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på nya jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik

Visa alla biologjobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik i Uppsala, Norrtälje, Gotland eller i hela Sverige

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 44.000 studenter, 7.100 anställda och en omsättning på 7 miljarder kronor.



Institutionen för ekologi och genetik utlyser en forskartjänst i metagenomik till programmet för Zooekologi.

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 200 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare http://www.ieg.uu.se.

Projektbeskrivning: Vi strävar efter att förstå effekten av mänskliga aktiviteter på värdassocierade mikrobiom hos vilda däggdjurspopulationer. Mer specifikt fokuserar projektet på att identifiera antimikrobiella motståndsfaktorer från gamla metasamhällen härledda från värdassocierade orala mikrobiom. Kort tid efter tillkomsten av massproduktionen av antibiotika på 1940-talet har antimikrobiell resistens blivit en stor global hälsorisk och åtgärder ligger nu högst upp på FN:s och WHO:s dagordningar. Ändå har vi väldigt lite förståelse för effekterna av antimikrobiell resistans hos vilda djurpopulationer och dess möjligheter att fungera som reservoarer för antimikrobiella resistensgener. För att få ett utgångsläge börjar vi med att karakterisera orörda, tidiga bakteriesamhällen från tidsperioden som föregår massproduktionen av antibiotika. I nästa steg kommer vi att utvärdera i vilken utsträckning humanproducerad antibiotika har förändrat sammansättningen, funktionella profiler och speciellt antimikrobiell potential i värdassocierade mikrobiomer med skandinaviska brunbjörnar som modellsystem.

Arbetsuppgifter: Du kommer att bidra till produktionen och fullfölja analyserna av DNA-sekvenser från tandstensprover från skandinaviska brunbjörnar. I arbetsuppgifterna ingår extraktion av DNA på museumbevarade prover med hjälp av aDNA-tekniker, förberedelse av "next generation sequencing"-bibliotek med specifika protokoll anpassade till projektets behov, bioinformatiska analyser av metagenomiska data för taxonomisk och funktionell karaktärisering av däggdjurets orala mikrobiom samt specifik identifiering och karakterisering av antibiotikaresistensfaktorer. Det kommer också att vara nödvändigt att konstruera metagenomiska sammansatta genom från de utmanande forntida DNA-proverna samt spåra utvecklingen av antimikrobiell resistens i vissa mikrobiella linjer. I samarbete med gruppen Dan Andersson på IMBIM kommer kandidaten att göra funktionella analyser av de förutsagda antimikrobiella varianterna. Kandidaten kommer att förbereda resultaten för publicering i peer-granskade tidskrifter och presentera projektet på (inter) nationella konferenser.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom medicinsk mikrobiologi eller annat relevant område. Kandidaten förväntas ha stor erfarenhet av laboratoriearbete med gammalt DNA, i synnerhet med metagenomikprover, vilket även bör omfatta kunskaper i biblioteksförberedande arbete med nedbrutna prover. Erfarenhet av bioinformatiska metagenomikanalyser från gamla DNA-prover. Dokumenterad erfarenhet av att arbeta i UPPMAX, kunskap om Kraken, MALT och SPARSE bioinformatikverktyg. Förtrogenhet med AMR-databaser samt erfarenhet av analyser av värdassocierade (icke-mänskliga) metagenomiska dataset. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift. Vid urval bland behöriga sökande kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Vid bedömning av vetenskapliga meriter kommer speciellt erfarenhet av arbete med gammalt DNA samt erfarenhet av att analysera värdassocierade icke-mänskliga metagenomiska data från nedbrutna prover att vägas högt.

Meriterande: Vi söker efter en mycket oberoende och skicklig person för att driva fram projektet. Den perfekta kandidaten kommer att vara en lagspelare och har visat erfarenhet av att övervaka och mentorera MSc- och BSc-studenter i labbet och för bioinformatikanalyser.

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forsknings­intressen och varför du vill ha tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kopia av din doktorandexamen 4) relevanta publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: 2020-01-01.

Anställningsform: Anställningen är en tidsbegränsad anställning om 6 månader.

Anställningens omfattning: 50%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Forskarassistent Katerina Guschanski, katerina.guschanski@ebc.uu.se, +46 18 471 26 73.

Välkommen med din ansökan senast den 2 december 2019, UFV-PA 2019/3932.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Varaktighet, arbetstid
50 %. Tillträde: 2020-01-01 Visstidsanställning till 2020-06-30

Publiceringsdatum
2019-11-19

Ersättning
Individuell lönesättning

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2019-12-02
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2019/3932".

Omfattning
Detta är ett deltidsjobb.

Arbetsgivare
Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)

Arbetsplats
Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik

Jobbnummer
4963901

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik

Fyll i din e-postadress för att få e-postnotifiering när det dyker upp fler lediga jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för ekologi och genetik: