Bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys

Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi / Kemiingenjörsjobb / Uppsala
2022-09-29
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
➡️ Klicka här för den senare publicerade platsannonsen "Bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys" (publicerad 2024-09-26) ⬅️

Prenumerera på nya jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Visa alla kemiingenjörsjobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi i Uppsala, Gotland eller i hela Sverige

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.

Institutionen för informationsteknologi har en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer.

Institutionen har i dag ca 300 anställda varav 120 lärare och 110 doktorander. Drygt 4000 studenter läser en eller flera kurser vid institutionen varje år och ett 30-tal forskargrupper är kopplade hit. I den administrativa gruppen jobbar i dag 23 personer. Mer information om oss hittar du på http://www.it.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Den utannonserade anställningen är placerad vid avdelningen Vi3 inom institutionen för informationsteknologi, men är även del av SciLifeLab BioImage Informatics enhet (BIIF), som beskrivs nedan. Institutionen för informationsteknologi har en bred verksamhet och en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer. Vid Vi3 samlas en världsunik kombination av expertis inom datoriserad bildanalys, människa-datorinteraktion och datavetenskapens didaktik. SciLifeLab BIIF är administrativt placerad här och erbjuder utbildning och forskarsupport inom digital bildanalys för life science tillämpningar. Läs mer https://www.scilifelab.se/units/bioimage-informatics/

Science for Life Laboratory, https://www.scilifelab.se/, är ett svenskt nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälsa och miljöforskning. Centret kombinerar teknisk expertis i frontlinjen med avancerad kunskap om translationell medicin och molekylär biovetenskap. SciLifeLab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet, men samarbetet innefattar många fler universitet. SciLifeLab bildades 2010 och idag arbetar ca 1,500 personer inom centret, varav ca 1/5 inom dess faciliteter som erbjuder support för forskare inom livsvetenskaperna. BIIF är en av SciLifeLabs faciliteter. BIIF är dessutom del av NMI, https://nmisweden.se/https://www.eurobioimaging.eu, och https://nbis.se som engagerar ca 100 bioinformatiker spridda över landet. BIIF har på så sätt nära kopplingar till infrastruktur för både bildinsamling och dataanalys.

Publiceringsdatum
2022-09-29

Dina arbetsuppgifter
Vi söker en bioinformatiker med stort intresse av att utveckla, implementera och anpassa digitala bildanalysmetoder för kvantitativ analys av mikroskopidata. Mycket fokus ligger på storskalig analys baserad på maskininlärning och deep learning/AI. Du kommer arbeta med kortare och längre projekt och erbjuda forskarsupport vid BIIFs noder i Uppsala och Stockholm samt andra universitet i Sverige. Uppdraget innebär även undervisning i form av organisation av användarmöten/kurser och workshops kring digital bildbehandling och analys med life science tillämpningar. Handledning av examensarbeten inom området ingår också i arbetsuppgifterna, liksom viss inblandning i forskningsprojekt i https://uu.varbi.com/center/tool/position/548035/edit/tab:2/user.it.uu.se/~cli05194/.

Kvalifikationskrav
Du bör ha mastersexamen och/eller disputerat inom digital bildanalys/bildbehandling eller motsvarande, alternativt disputerat inom bioinformatik/biomedicin/biologi eller motsvarande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder är ett krav. God kommunikationsförmåga på engelska, både muntlig och skriftlig, är ett krav.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av arbete med maskininlärning och deep learning med tillämpningar inom mikroskopidata, så som t.ex. vävnadsanalys, är meriterande. Erfarenhet från postdoktorala studier (eller motsvarande inom annan verksamhet) med fokus på storskalig datahantering och metodutveckling inom bildanalys är meriterande. Särskilt meriterande är färdighet i att använda och utveckla algoritmer och analyspipelines avsedda att identifiera och segmentera celler och mikroorganismer i odling och vävnadssnitt, samt att kvantifiera biologiska parametrar för dessa. Erfarenhet av att organisera workshops och handledning är också meriterande samt arbete med forskningsreproducerbarhet.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning 6 månader kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Professor Robin Strand, robin.strand@it.uu.se, Professor Carolina Wählby, carolina.wahlby@it.uu.se eller Anna Klemm, anna.klemm@it.uu.se.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska skickas in via länken nedan. Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), länkar till relevanta publikationer. Notera att ansökningar bara accepteras via länken nedan.

Välkommen med din ansökan senast den 21oktober 2022, UFV-PA 2022/3520.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Varaktighet, arbetstid
100%. Tillträde: snarast Tillsvidareanställning

Ersättning
Individuell lönesättning

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2022-10-21
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2022/3520".

Omfattning
Detta är ett heltidsjobb.

Arbetsgivare
Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)

Arbetsplats
Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Jobbnummer
7025495

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Fyll i din e-postadress för att få e-postnotifiering när det dyker upp fler lediga jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi: