Postdoktor inom bioinformatik om systembiologi

Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper / Datajobb / Uppsala
2022-04-13
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
➡️ Klicka här för den senare publicerade platsannonsen "Postdoktor inom bioinformatik om systembiologi" (publicerad 2022-09-23) ⬅️

Prenumerera på nya jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper

Visa alla datajobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper i Uppsala, Solna eller i hela Sverige

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.



Institutionen för medicinska vetenskaper är en klinisk institution inom den medicinska fakulteten, med ca 250 anställda samt fler än 300 personer sammankopplade via Akademiska sjukhuset.

Institutionen bedriver både klinisk och preklinisk forskning och därmed finns stora möjligheter för translationell forskning och givande forskningssamarbeten inom universitetsmiljön. Uppsala universitet har också en stark infrastruktur och tradition vad avser innovation.

Bioinformatiska analyser av så kallad "Big data" används i allt större utsträckning inom området systembiologi och precisionsmedicin. I det senare är målet att kunna skräddarsy diagnostik och behandlingar utifrån genetik, miljö och livsstil. Detta projekt avser inrikta sig på detta område, utifrån ett bredare samarbetsprojekt om neurokognitiva och metabola sjukdomar.

Positionen är på två år och kommer att bedrivas vid enheten för Transplantation and regenerativ medicin.

Projektet avser använda precisionsmedicin och systembiologi för att etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. Patienterna kommer att undersökas vid flera tidpunkter, inklusive olika tider på dygnet, då olika typer av prover och patient-karakteristika samlas in, inom ramen för ett större EU-samarbete.

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på "Ansök här" eller se Uppsala universitets hemsida: https://uu.se/jobb/

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter

- Bioinformatiska analyser av och integrering av flera datatyper, så kallad systembiologisk analys (t.ex. blodbaserade biomarkörer, EEG-data) från olika patientkategorier, för att finna nya biomarkörer och sjukdomsmekanismer som är specifika för olika typer av neurokognitiva störningar. Inriktningen är på demenssjukdomar, sömnstörningar och epilepsi, samt metabola störningar såsom typ 2-diabetes.
- Analys av aktivitetsdata (aktigrafi) och EEG-data för att analysera sömn och parametrar för dygnsrytmen, samt hur detta relaterar till sjukdomsmekanismer och annan neurokognitiv data (t.ex. för att utvärdera minnesförmågan) vid neurokognitiva och metabola störningar.
- Analys av metagenomiska data och integrering med metabolomik-baserade data, med bioinformatiska nätverksmodeller för att hitta nya mekanismer för reglering av dygnsrytmen och sömn vid normal hälsa och vid metabola och neurokognitiva störningar.
- Samarbete med partnergrupperna inom EU-Horizon-projektet MES-CoBraD, för provhantering och provanalyser vid etablerade faciliteter vid Uppsala universitet och våra samarbetspartners, för analyser av nya biomarkörer, t.ex. med multiplexade provpaneler (t.ex. O-link, samt riktade metabola, kardiovaskulära och neurodegenerativa biomarkörer).

Kvalifikationskrav

- Doktorsexamen i integrativ nätverksmodellering eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i metabol och/eller integrativ nätverksmodellering.
- Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
- Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, inom bioinformatik och integrering av flera datatyper (t.ex. transkriptom-data, metabolomik och tarmflorans metagenomik), med arbete och visualisering i relevanta skriptmiljöer (såsom R och pyton).
- Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, av arbete med ovanstående typer av data för humandata, gärna med fokus på folkhälsosjukdomar såsom obesitas, typ 2-diabetes och neurodegenerativa sjukdomar.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper om bioinformatiskt relevant databas-hanering (t.ex. KEGG, USDA, Uniprot) och nedladdning och implementering av sådant i bioinformatiskt relevanta tillämpningar. Multi-omics-integrering, genome scale metabola modeller, erfarenhet av relevanta bioinformatiska pipelines och relevanta kvalitetssäkrings-verktyg (t.ex. DESeq, PSA, PLSDA, t-SNE). Erfarenhet i relevanta visualiserings-miljöer (ggplot, cytoscape, illustrator), programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation. Våtlabs-arbete, t.ex. med ELISA-metoder, qPCR och western blotting.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i två (2) år. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, mailto:jonathan.cedernaes@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2022, UFV-PA 2022/1288.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Varaktighet, arbetstid
100. Tillträde: 2022-09-01 Visstidsanställning till

Publiceringsdatum
2022-04-13

Ersättning
fast

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2022-04-29
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2022/1288".

Omfattning
Detta är ett heltidsjobb.

Arbetsgivare
Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)

Arbetsplats
Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper

Jobbnummer
6536868

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper

Fyll i din e-postadress för att få e-postnotifiering när det dyker upp fler lediga jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för medicinska vetenskaper: