Bioinformatiker

Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi / Laborantjobb / Uppsala
2023-05-02
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
➡️ Klicka här för den senare publicerade platsannonsen "Bioinformatiker" (publicerad 2023-12-15) ⬅️

Visa alla laborantjobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi i Uppsala, Stockholm eller i hela Sverige

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.

Vill du göra skillnad för patienter med genetiska sjukdomar?
Vi söker en bioinformatiker för att driva utveckling av bioinformatiska analyser för att etablera ny avancerad genetisk diagnostik för sjukvården, med fokus på ärftliga sjukdomar och cancer.

Institutionen för immunologi, genetik och patolog vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Klinisk Genomik Uppsala är sedan starten 2013 en del av Clinical Genomics plattformen inom Science for Life Laboratory. Den bioinformatiska verksamheten är förlagd till Uppsala universitet, medan laboratoriearbetet utförs vid kliniska laboratorier på Uppsala Akademiska Sjukhus. Enhetens uppdrag är att ta fram och tillhandahålla kliniska test för ärftliga sjukdomar, olika former av cancer och mikrobiologi, främst med olika former av DNA-sekvensering. Vi stöttar även translationella forskningsprojekt som har en tydlig klinisk potential. Arbetet utförs av multidisciplinära team med bioinformatiker, laboratoriepersonal, sjukhusgenetiker och läkare och faciliteten bidrar till kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter. För närvarande analyseras över 8000 kliniska prover per år med de metoder som faciliteten tillhandahåller. Eftersom genetisk diagnostik efterfrågas inom allt fler kliniska discipliner pekar prognosen på en stark tillväxt även kommande år.

Publiceringsdatum
2023-05-02

Dina arbetsuppgifter
Faciliteten söker en bioinformatiker på heltid för att delta i utvecklingen av analyser riktade mot ärftliga sjukdomar med tillhörande databaser. Tjänsten är ett vikariat på ett år i samband med en föräldraledighet. Möjlighet till förlängning finns. Arbetet kommer till stor del bestå i att utvärdera, utveckla och automatisera robusta pipelines för att analysera sekvensdata (Illumina/ONT/PacBIO) för kliniskt bruk, samt att ta fram system för att dela information om varianter internt och externt. Du kommer att vara inblandad i utveckling och implementation av transkriptom- och long-read analyser, men även i vidareutveckling och support av de helgenom (WGS) och helexom (WES) analyser som redan används. Vår pipelineutveckling sker framförallt med Python och Snakemake och den sökande kommer i sitt arbete ha möjlighet att bidra till projektet Hydra genetics https://github.com/hydra-genetics/hydra-genetics

En särskilt viktig aspekt är samarbetet med anställda inom sjukvården och förmåga att utveckla analysmetoder för skarpa kliniska frågeställningar. Eftersom verksamheten hanterar känsliga kliniska data är frågor kring datasäkerhet viktiga. Faciliteten har därför ett eget kluster där arbetet i huvudsak kommer att utföras.

Den anställde kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, läkare, sjukhusgenetiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.

Kvalifikationskrav
Mastersexamen eller liknande i ämne med anknytning till tjänsten t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält.
Utöver detta krävs:
• Dokumenterad förmåga inom ett eller flera scriptspråk (t.ex Python/Bash/Perl)
• Erfarenhet av arbete med humangenetik, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik
• Erfarenhet av att arbeta med genetisk analys i linuxmiljö
• Kännedom om git, conda och pipelineverktyg som Snakemake eller Nextflow.
• Kännedom av mjukvarucontainers (t.ex. Docker / Singularity), alternativt automatiseringssystem (t.ex Stackstorm) eller tidigare erfarenhet av IT-arbete med höga säkerhetskrav.
• Grundläggande kunskaper om databashantering

Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Om anställningen Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader, med möjlighet till förlängning.
Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 26 maj 2023, UFV-PA 2023/1722.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Ersättning
Individuell lönesättning

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2023-05-11
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2023/1722".

Omfattning
Detta är ett heltidsjobb.

Arbetsgivare
Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)

Arbetsplats
Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Jobbnummer
7716794

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Bioinformatiker

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi