Staff scientist: Bioinformatiker inom epidemiologi och infektionsbiologi
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet / Kemiingenjörsjobb / Umeå
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla kemiingenjörsjobb i Umeå,
Vännäs,
Nordmaling,
Vindeln,
Robertsfors eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet i Umeå,
Nordmaling,
Örnsköldsvik,
Kiruna,
Huddinge eller i
hela Sverige Staff scientist: Bioinformatiker inom epidemiologi och infektionsbiologi
SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling.
Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap. Programmets mål är att stärka samarbetet inom och mellan olika delar av akademien och samverkan med näringsliv och vårdgivare både nationellt och internationellt.
DDLS-programmet etablerar nu en nationell Data Science Node inom "Epidemiologi och Biologi av Infektioner" vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar att utveckla datatjänster och tillhandahålla avancerat dataanalysstöd. Som Staff scientist kommer du att utforska molekylära, kliniska och/eller epidemiologiska data i forskningsprojekt som syftar till att öka vår förståelse för uppkomsten, prevalensen, spridningen och behandlingen av infektionssjukdomar. Du kommer att tillämpa, anpassa och utveckla metoder för maskininlärning för att tillhandahålla dataanalysstöd till datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens, samt vara en drivande kraft för avancerad dataanalysutbildning på doktorandnivå.
Data Science Node personalen kommer att vara väl integrerad med den lokala forskargruppen, men också kopplad till SciLifeLab Data Centre och Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter, som tillhandahåller avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till den svenska forskargruppen inom livsvetenskap och deltar i internationella samarbeten.
Din framtida arbetsplats
Institutionen för fysiologisk botanik är värd för den största bioinformatiska sektionen vid Umeå universitet med över 20 bioinformatiker och den Svenska Metabolomikfaciliteten. Du kommer att arbeta i en stark grupp av bioinformatiker som både hjälper andra forskare med analys och utvecklar området själva. Bioinformatikgruppen arbetar med projekt inom alla områden av livsvetenskap. Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper och med stark, tvärvetenskaplig, samarbetsinriktad och expanderande forskning. Vi är också en stark partner i Kemiskt-Biologiskt Centrum (KBC), en knutpunkt för livsvetenskap som är värd för flera nationella instrument- och teknikplattformar. För mer information om att arbeta vid Umeå universitet:
https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.Publiceringsdatum2024-02-16Dina arbetsuppgifterDe huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:
- Genomföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna livsvetenskapsprojekt, med hjälp av moderna maskininlärningsverktyg tillämpade på storskaliga molekylära (omics), bildbehandlings-, kliniska och/eller epidemiologiska data.
- Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser.
- Utbilda andra livsforskare i Sverige i avancerad dataanalys genom samarbete inom stödda projekt, avancerade nationella kurser och konsultationer.
- Delta i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av DDLS-programmet, Data Science Noden och Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab.
Kvalifikationskrav
Vi söker en mycket motiverad kandidat med starka färdigheter inom tillämpad bioinformatik, datavetenskap och/eller maskininlärning, för att tillhandahålla avancerat dataanalysstöd till svenska livsvetenskapsforskningsprojekt av vetenskaplig excellens.
(i) Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, teknik, fysik eller motsvarande.
(ii) Omfattande (3+ år) erfarenhet av att tillämpa och/eller utveckla avancerade metoder inom bioinformatik, datavetenskap eller maskininlärning.
(iii) Programmeringskunskaper i Python
(v) Mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska
(vi) Starka färdigheter inom samarbete och kommunikation
Ytterligare kvalifikationer
Relevant postdoktorala studier eller industriell erfarenhet är en stark merit men inte ett krav. Övriga starka meriter är erfarenhet inom en eller flera av följande
- Datavetenskapliga verktyg såsom Numpy, Pandas and Matplotlib
- Moderna ramverk för djupinlärning, såsom PyTorch eller Tensorflow.
- Programmingskunskaper i R och/eller andra programmeringsspråk för statistiska beräkningar och datavisualisering.
- Avancerad integrering av flera lager av molekylära ("omics") dataset.
- Forskning baserat på stora dataset inom livsvetenskaperna.
- Forskning och utveckling inom epidemiologi och/eller infektionsbiologi eller andra folkhälsorelaterade frågor.
Erfarenhet av antingen maskininlärningshanteringssystem som Azure ML, maskininlärningsarbetsflödesmotorer som MLFlow/Airflow/Metaflow, eller datalagring, databaser och strukturer för stora datavolymer är också en merit. "Reproducerbar forskning" och "FAIR data" är centrala begrepp för oss, och expertis i utvecklingen av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en merit.
Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning kan komma att tillämpas. Startdatum enligt överenskommelse.
Så ansöker duDin ansökan bör innehålla
- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du vill ansluta dig till detta arbete
- CV med publikationslista
- Doktorsexamensbevis
Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2024-03-31
Kontaktuppgifter för detta jobbBjörn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13,
bjorn.nystedt@scilifelab.seJohan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137,
johan.trygg@umu.seJohannes Hanson, Inst. för fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283,
Johannes.hanson@umu.se Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se
http://www.upsc.se eller
http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.
Ersättning Månadslön
Så ansöker du Sista dag att ansöka är 2024-03-31
Klicka på denna länk för att göra din ansökan Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "AN 2.2.1-251-24".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Umeå Universitet (org.nr 202100-2874)
Arbetsplats Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet
Jobbnummer 8476546
Observera att sista ansökningsdag har passerat.