Postdoktor i datavetenskap eller bioinformatik
Uppsala universitet / Biologjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla biologjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala universitet i Uppsala,
Upplands Väsby,
Gävle,
Gotland eller i
hela Sverige Postdoktor i datavetenskap eller bioinformatik med inriktning mot Hadoop för storskalig sekvensanalys vid Institutionen för Informationsteknologi med placering vid UPPMAX.
Bakgrund: Den enorma teknikutvecklingen inom biovetenskaplig sekvensering har medfört dramatiska ökningar i genererade datamängder, vilket ställer stora krav på en e-infrastruktur för att kunna hanteras och analyseras. UPPMAX (www.uppmax.uu.se) är Uppsala universitets center för högpresterande lagring och -beräkning som med projektet UPPNEX (www.uppnex.uu.se) erbjuder resurser för lagring, beräkning, samt mjukvaror och användarstöd inom bioinformatik och primärt sekvensanalys. Vi söker nu en Post-doc för att undersöka hur tekniker som cloud computing och Hadoop kan komplettera nuvarande infrastruktur inom lagring och analys av biovetenskapliga data som i dagsläget består av beräkningskluster och ett centralt filsystem.
Arbetsuppgifter: Den sökande kommer att bedriva forskning och utveckling inom biovetenskaplig sekvensanalys som baseras på Apache Hadoop. I uppgifterna ingår att undersöka möjligheten och nyttan av att köra Hadoop på olika filsystem samt på kluster eller cloud computing. Uppgifterna innefattar också att undersöka möjligheterna att integrera Hadoop med kösystemet SLURM samt datahanteringssystemet iRODS. Ett viktigt område är att evaluera existerande bioinformatiska Hadoop-applikationer samt undersöka hur Hadoop och cloud computing can komplettera den existerande kluster-baserade infrastrukturen för sekvensanalys vid UPPMAX. Den sökande kommer att jobba nära Science for Life Laboratory (www.scilifelab.se) som bidrar med användarfall, testning, och återkoppling inom analys av biovetenskapliga data.
Kvalifikationskrav: Doktorsexamen inom datavetenskap, bioinformatik, eller motsvarande utbildning ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång (perioden förlängs med hänsyn till sjukdom, föräldraledighet, o dyl). Goda kunskaper inom UNIX/Linux samt programmering är ett krav. Erfarenhet av högpresterande beräkningar, storskalig lagring, cloud computing, och Hadoop samt bioinformatiska verktyg är meriterande men inget krav. Goda kunskaper i engelska är ett krav. Andra viktiga egenskaper är förmågan att arbeta självständigt, sätta upp och hålla deadlines, samt att uttrycka sig väl både skriftligt och muntligt.
Övrigt: Anställningen är på 2 år med placering vid UPPMAX, Uppsala universitet. Positionen är finansierad av det strategiska forskningsprogrammet eSSENCE (www.essenceofescience.se).
UPPMAX är Uppsala universitets center för högpresterande lagring och beräkning, och relaterat know-how. UPPMAX har ett 20-tal anställda inkluderande systemexperter, applikationsexperter, och systemutvecklare. Projektet UPPNEX för lagring och analys av biovetenskaplig data har nuvarande resurser på över 1 PB i högpresterande lagring, 1M beräkningstimmar per månad, och en stor mängd installerade programvaror. Över 250 projekt från bl a SciLifeLab har sedan 2008 använt UPPNEX resurser för storskaliga bioinformatiska analyser.
Upplysningar om anställningen lämnas av Ola Spjuth, tel. 070 - 425 06 28 eller Hans Karlsson, tel. 0701 679287. Fackliga företrädare är Anders Grundström, Saco-rådet, tel. 018-471 53 80, Carin Söderhäll, TCO/ST, tel. 018-471 19 96 alt. 018-471 1997 och Stefan Djurström, Seko, tel. 018-471 33 15.
Publiceringsdatum2012-10-03Arbetstider och omfattningVisstidsanställning 6 månader eller längre
Heltid
ErsättningFast lön
Så ansöker duVälkommen med din ansökan senast den 15 oktober 2012, UFV-PA 2012/2414. Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret.
Klicka på denna länk för att göra din ansökanAnsökan kan tyvärr inte göras via e-post.
FöretagUppsala universitet
AdressUppsala universitet
Box 256
75105 UPPSALA
Övriga kontaktuppgifterTelefonnummer: 018-4710000
Faxnummer: 018-4712000
Jobbnummer 1356286
Observera att sista ansökningsdag har passerat.