Första forskningsingenjör inom jämförande genomik

Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet / Kemiingenjörsjobb / Umeå
Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Visa alla kemiingenjörsjobb i Umeå, Vännäs, Nordmaling, Vindeln, Robertsfors eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet i Umeå, Nordmaling, Örnsköldsvik, Kiruna, Huddinge eller i hela Sverige

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda. Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 - en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.

Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/

Anställningen är vid institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet, som är en del av Umeå Plant Science Center (se http://www.

upsc.se). Anställningen finansieras av ett genomprojekt för gran och tall och är på heltid och tidsbegränsad under två år med start omgående eller enligt överenskommelse. För mer information om forskargruppen, se: http://streetlab.upsc.se.

Publiceringsdatum
2022-04-14

Dina arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta med bioinformatik i en gemensam forskningsmiljö vid institutionen för fysiologisk botanik och i samarbete med forskargrupper vid SciLifeLab (Science for Life Laboratory), National BioInformatics Service (NBIS) och genomprojektets arbetsgrupp. Arbetet kommer att involvera att utföra jämförande genomikanalys inklusive av proteinkodande gener, icke-kodande RNA, pseudogener och repetitiva element (främst LTR) förutom allmän bioinformatisk analys och stöd. Det kommer att läggas tonvikt på syntes och jämförande uttrycksanalyser med hjälp av RNA-Seq-data, vilket kommer att inkludera användningen av expressionsnätverk. Tillgänglig projektdata inkluderar Illumina RNA-Seq, PacBio Iso-Seq, Ribo-Seq, Hi-C, ATAC-Seq och DNA-metyleringsprofilering.

Kvalifikationer
För att vara kvalificerad för anställningen måste du ha en doktorsexamen inom bioinformatik, molekylärbiologi, växtbiologi eller motsvarande. Du ska ha god kunskap och erfarenhet i att implementera effektiva högpresterande "cluster pipelines", erfarenhet av schemaläggningssystem och att skapa och hantera databaser. Du ska också ha erfarenhet av att ha arbetat med komplexa skript (i till exempel Python, C etc.) och dokumenterad erfarenhet och kunskap inom utveckling av analys-pipelines med hjälp av "codesharing" (till exempel Git). Mycket god muntlig och skriftlig förmåga att uttrycka dig på engelska, en vilja att lära sig nya färdigheter och att samarbeta är avgörande för anställningen. Eftersom du kommer att erbjuda allmänt stöd i bioinformatik till hela institutionen krävs dokumenterad erfarenhet av bred kunskap inom bioinformatik.

Meriterande för anställningen är erfarenhet av analys av "high thoughput"-sekvensering [SF1] för genuttrycksanalys, helgenomsekvensjämförelser och analys av synteni, analys av icke-kodande RNA och/eller pseudogener och metoder för funktionell annotering, analys av repetetiva element, differentiell genexpressionssanalys, transkript/alternativ splicing och "co-expression network" analyser. Vidare är skicklighet i R-programmering och dataanalys en önskvärd kvalifikation. Erfarenhet av att arbeta med olika växtarter, i synnerhet icke-modellarter eller arter med stora genom, är vidare önskvärt. För att göra resurser från dessa genomprojekt publikt tillgängliga är erfarenhet av "full stack development" värdefull (t.ex. php, node.js, MySQL, HTML5, JavaScript). All kod som utvecklas kommer att göras fritt tillgänglig och måste följa principer för transparens och reproducerbarhet.

Så ansöker du
Ansökan skall innehålla:

- CV.
- Ett personligt brev som innehåller en beskrivning av dig själv, dina tidigare relevanta forskningsprestationer, anledningen till att du söker denna anställning samt länkar till demonstrerade exempel på implementerade verktyg och koder.
- En lista över publikationer inklusive en länk till din doktorsavhandling.
- Vidimerade kopior av betyg och examensbevis.

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 5 maj 2022.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till 2 år. Tillträde enligt överenskommelse.

Kontaktuppgifter för detta jobb
Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta Dr Nathaniel Street, nathaniel.street@umu.se eller +46-(0)70-322 0136.

Välkommen med din ansökan!
Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.

Varaktighet, arbetstid
100. Tillträde: Enligt överenskommelse Visstidsanställning till

Ersättning
Fast månadslön

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2022-05-05
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "AN 2.2.1-644-22".

Omfattning
Detta är ett heltidsjobb.

Arbetsgivare
Umeå Universitet (org.nr 202100-2874)

Arbetsplats
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet

Kontakt
Nathaniel Street
070-3220136

Jobbnummer
6541699

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Första forskningsingenjör inom jämförande genomik

Prenumerera på jobb från Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskaplig fakultet