Forskare inom bioinformatik

Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p / Biologjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Visa alla biologjobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p i Uppsala, Solna eller i hela Sverige

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, diabetes och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi, vaskulärbiologi samt strålningsvetenskap. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 300 mkr varav drygt hälften är externa forskningsbidrag och har ca 340 anställda, varav ca 120 är doktorander, och totalt över 600 verksamma i sin arbetsstyrka.

Publiceringsdatum
2017-11-01

Dina arbetsuppgifter
Som bioinformatiker i gruppen ansvarar du för den informatiska delen av flera projekt. Det innebär att du tillsammans med andra gruppmedlemmar ska planera projektarbetet, utföra dataanalysen med hjälp av olika verktyg. Möjligheter kommer att finnas för att utveckla egna analysmetoder eller testa nya metoder som genereras av andra på olika dataset. Ett av ansvarsområden kommer att vara analyser av data som genereras via Illumina/ Affymetrix/ Agilent-plattformar, i kombination med analyser av genetisk variation i translationella cancer-inriktade forskningsprojekt. Det andra ansvaret kommer att omfatta analyser av storskaliga parallella DNA-sekvenseringsdataset (exom och genom) inom ramen för olika projekt. Det tredje ansvarsområdet kommer att omfatta analyser av genuttryck (från array- och sekvensdata) samt analyser av CpG-metylom. Den framgångsrika kandidaten ska också ha en förmåga att introducera andra anställda/ studenter till bioinformatik och kommunicera väl med övriga medlemmar i gruppen. Därför är goda sociala färdigheter högt värderade.

Kvalifikationskrav
Den framgångsrika kandidaten ska ha en doktorsagrad i bioinformatik. Den ska också ha en väl dokumenterad bakgrund som biolog och bioinformatiker samt en välprövad praktiskt erfarenhet (t.ex. genom publikationer inom bioinformatik). Kandidaten ska vara bekant med hur man söker och utnyttjar information från de viktigaste biologiska databaserna på internet och ha erfarenhet av primerdesign och primers/ SNP-sökningar. Tidigare erfarenheter med Remote Shell Scripting (till Uppmax) och användning av Circos-Plots för visualisering av genetisk variation är ytterligare fördelar. Kandidaten ska också ha en väldokumenterad förmåga att introducera andra anställda/ studenter till bioinformatik och kommunicera väl med övriga medlemmar i gruppen. Därför är goda sociala färdigheter högt värderade.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Dokumenterad erfarenhet av array-baserade plattformar (Illumina SNP och CpG-methylome arrays), särskilt inriktade på studier av strukturell variation i humant genom, värderas högt.
Tidigare erfarenhet av Nexus-platformen är idealiskt.
Erfarenhet med Linux/ Unix-miljö, programmeringsförmåga (t.ex. i JAVA, R, Perl, C ++, shell scripting) samt kompetens att självständigt utveckla nya webbaserade plattformar för stor datasamling och analys (SQL-databaser och phpMyAdmin) är essentiell.
Vidare är kunskap om webbapplikationsarkitektur (JSP, HTML, CSS, JavaScript, XML) ett plus.
Praktiskt expertis inom nästa generation sekvensering (NGS), kvalitetskontroll av olika dataset, analyser av SNP-mutationer och gen-kopie-antal är också viktigt.

- Analysera DNA-metyleringsdata från Illuminas beadchips eller WGBS;
- Funktionsval och klassificeringsalgoritmer och metoder för klassificering av prover enligt en vald fenotyp baserad på genetiska och epigenetiska markörer;
- Utveckla och tillämpa maskininlärningsmetoder och applikationer för att analysera DNA-metyleringsdata för att upptäcka biomarkörer av åldrande, cancer och andra sjukdomar;
- Utveckla visuell baserad analytisk mjukvara för att undersöka DNA-metylering och genuttrycksdata i utvalda genvägar;
- Unsupervised data-inlärningsmetoder för att hitta cancer-subtyper baserade på DNA-metylering och/eller genetiska markörer.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: 2018-01-01.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2019-08-13.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av
Jan Dumanski, 018-471 5035, jan.dumanski@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 15 november 2017, UFV-PA 2017/3547.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Varaktighet, arbetstid
100%. Tillträde: 2018-01-01 Visstidsanställning

Ersättning
Fast Lön

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2017-11-15
Ange följande referens när du ansöker: UFV-PA 2017/3547
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p

Adress
Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p
box 256
75200 Uppsala

Kontorsadress
box 256

Jobbnummer
3779343

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Forskare inom bioinformatik

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p