Forskare i zooplankton population genomik
Uppsala Universitet, Inst. för medicinsk biokemi och mikrobiolog / Kemiingenjörsjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla kemiingenjörsjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala Universitet, Inst. för medicinsk biokemi och mikrobiolog i Uppsala Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.
Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.
Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis interagerade sektioner; cancer, infektioner och immunitet samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på
http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/.Beskrivning: Andreas Wallbergs nya forskargrupp söker en motiverad och driven forskarkandidat med stort intresse för evolutionär genomik. Kandidaten kommer att gå med i gruppen för att utföra populationsgenomik hos marina zooplankton.
Den globala uppvärmningen orsakar redan alarmerande förändringar av vår planets ekosystem och det är oklart om genetisk anpassning hos marina arter kan hålla jämna steg med dessa förändringar.
Wallbergs grupp studerar flera nyckelarter av krill (lysräkor) och hoppkräftor av avgörande betydelse för näringsväven i havet. Vår forskning drivs av det dåliga kunskapsläget kring arvsmassa och genomik hos zooplankton och kräftdjur i en tid då världshaven genomgår snabba förändringar. Vi fokuserar på två huvudsakliga forskningsområden: i) de-novo assembly och analys av genomen hos krill och hoppkräftor för att bättre förstå de evolutionära processer som har format deras ovanligt stora genom; ii) populationsgenomiska analyser som syftar till att kartlägga genflöden, genetiska spår av naturlig selektion och den genetiska grunden för lokal anpassning till olika havsmiljöer.
Projektet som innehavaren av tjänsten kommer att ansluta sig till strävar efter att kartlägga och jämföra genomfunktion och variation över arvsmassan och arters naturliga utbredningsområden med hjälp av en kombination av andra (short-read) och tredje (long-read) generationens sekvenseringstekniker och analytiska metoder. Huvudsyftet med projektet är att få bättre insikt i hur dessa plankton är genetiskt anpassade till sin miljö, inklusive identifiering av de gener och mekanismer som bidrar till anpassning, för att bättre förstå hur de kan reagera på fortsatt klimatförändring.
Arbetsuppgifter: Forskaren kommer att arbeta med nya och pågående projekt i projektet och bedriva självständigt och samarbetsinriktat bioinformatiskt analysarbete av sekvensdata på både populations och genomnivå som producerats av gruppen. Detta arbete omfattar: i) bearbetning av rå andra- och tredjegenerations genom- och transkriptomdata, och statistiska analyser med evolutionära och populationsgenetiska metoder; ii) utveckling och testning av geninriktade analyser genom reducerad representation för att effektivt kunna kartlägga genetisk informativa variation och påskynda forskning; iii) genomassembly och annotering av funktionella element. Vissa uppgifter kan kräva experimentellt arbete i vårt molekylärgentiska laboratorium. Innehavaren av tjänsten förväntas ta stort ansvar för forskningsprojektet, inklusive utformning av arbetsmetoder, "pipelines" och experiment, samt följa relevant forskning inom området. Handledning av projektstudenter ligger också inom arbetsuppgifterna. Viss undervisning kan ingå.
Beroende på projektets behov och den tillträdande forskarens intressen är det också möjligt att delta vid insamling av material och undervisning. Det finns möjlighet att delta i fältarbete i Sverige och Europa, samt att få praktisk erfarenhet av Nanopore-sekvensering i vårt laboratorium.
Kvalifikationer som krävs: För att vara berättigad till denna tjänst måste den sökande ha en doktorsexamen eller en utländsk examen motsvarande en doktorsexamen inom ett relevant område (såsom populationsgenomik, evolutionär genomik, marin genetik eller bioinformatik). Sökanden måste inneha bioinformatisk skicklighet, inklusive kompetens inom minst ett skriptspråk (Perl, Python eller BASH), ha god erfarenhet av att arbeta i UNIX och hantera stora genetiska datamängder. Kompetens inom statistisk analys av sekvenseringsdata, populationsgenetik, beräkningsbiologi eller genomassembly med hjälp av R eller standardpaket inom fältet är meriterande. Starkt intresse för antingen evolution, naturlig anpassning, havsmiljön eller klimatförändringar är nödvändigt. Utmärkt kommunikationsförmåga, hög motivation och förmåga att interagera konstruktivt med andra i gruppen och på arbetsplatsen är ett krav. Sökanden förväntas ha god förmåga att lösa problem och vara öppen för att lära sig nya metoder. Mycket god muntlig och skriftlig färdighet i engelska är ett krav.
Önskvärt/meriterande: Erfarenhet av molekylär genetik, transkriptomanalys, provhantering och extraktion av DNA / RNA är en merit.
Hur man ansöker: Ansökan ska innehålla ett personligt brev (inklusive en kort biografi och forskningsintressen) och ett CV (inklusive en lista över publikationer och kontaktuppgifter för tre personer som kan ge referenser).
Lön: Individuell lönesättning tillämpas.
Tillträde: Snarast eller efter överenskommelse.
Anställningsform: Tidsbegränsad anställning ett år med eventuell möjlighet till
förlängning.
Anställningens omfattning: 100 %
Upplysningar om anställningen lämnas av: Andreas Wallberg, mailto:
andreas.wallberg@imbim.uu.seVälkommen med din ansökan senast den 7 januari 2021, UFV-PA 2020/4403.
Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.
Varaktighet, arbetstid
100. Tillträde: snarast eller enligt överenskommelse Visstidsanställning
Publiceringsdatum2020-12-10ErsättningIndividuell
Så ansöker duSista dag att ansöka är 2021-01-07
Klicka på denna länk för att göra din ansökanFöretagUppsala Universitet, Inst. för medicinsk biokemi och mikrobiolog
Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2020/4403".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)
Arbetsplats Uppsala Universitet, Inst. För Medicinsk Biokemi Och Mikrobiologi (imbim)
Jobbnummer 5482220
Observera att sista ansökningsdag har passerat.