Forskare i systematisk biologi
Uppsala universitet, Institutionen för organismbiologi / Biologjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
Visa alla biologjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för organismbiologi i Uppsala Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå.
Vi studerar också de djupaste förgreningarna i livets träd med hjälp av bioinformatik och experimentella molekylära tekniker. Forskning om hur kemikalier av antropogent ursprung interagerar med cellfunktioner och ger upphov till långvariga hälsoeffekter på människor och djur utförs också. För mer information se
www.iob.uu.se.Arbetsuppgifter
Syftet med projektet är att annotera och beskriva en ny typ av mobila element i svampar, så kallade Starships, från en stor databas av nysekvenserade och befintliga genom. Ditt arbete går ut på att generera och använda anpassade bioinformatiska verktyg för klassificering av element i genom. Den klassificeringspipeline som utvecklas kommer att omfattar både maskininlärningsmetoder (t.ex. CNN) och genmodeller (HMM). Funktionell annotering och analys av geninnehållet i de mobila elemenen och jämförelse med befintliga databaser över gener som är involverade i biosyntetiska genkluster, virulens/patogenicitetsvägar och antimikrobiell resistens.
Arbetet går även ut på att utvärdera de mobila elementens evolutionära historia, så som tecken på horisontell genöverföring, genom att använda fylogenetik och fylogenomik. Åtminstone ett skrivet manuskript som är avsett för publicering i en expertgranskad tidskrift förväntas i slutet av projektet.
Kvalifikationskrav
Doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen med inriktning mot mykologi, mikrobiologi, komparativ genomik eller bioinformatik. Den sökande ska ha lång erfarenhet av att analysera genom från svampar, med särskild vikt på att hitta och beskriva repetitiva genetiska element.
Specifika krav för tjänsten är:
- Kunskaper i Bash, Python och R är ett krav.
- Tidigare erfarenhet av ascomyceter/icke-mänskliga patogener .
- Erfarenhet av att arbeta med SQL databaser (MySQL, SQlite eller liknande).
- Sökande ska kunna arbeta självständigt och målinriktat med planering och genomförande av projekt.
- Dokumenterat god engelska i både tal och skrift.
Stort vikt läggs vid personliga egenskaper såsom samarbetsförmåga, självständig, mål- och resultatorienterad samt kommunikativ.
Om anställningen
Anställningen är tillsvidare. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde 2024-02-21 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala
Upplysningar om anställningen lämnas av: Aaron Vogan,
aaron.vogan@ebc.uu.seVälkommen med din ansökan senast den 14 februari 2024, UFV-PA 2024/378.
Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 54 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.
Ersättning Individuell lönesättning
Så ansöker du Sista dag att ansöka är 2024-02-14
Klicka på denna länk för att göra din ansökan Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2024/378".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)
Arbetsplats Uppsala universitet, Institutionen för organismbiologi
Kontakt Aaron Vogan
073-8745597 Jobbnummer 8435611
Observera att sista ansökningsdag har passerat.