Doktorandplats i beräkningsgenomik
Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi / Kemiingenjörsjobb / Uppsala
2025-08-13
Visa alla kemiingenjörsjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi i Uppsala Projektbeskrivning
Att förutsäga hur genetisk variation ger upphov till adaptiva egenskaper är en central utmaning inom biologin.
Maskininlärning (ML) revolutionerar nu vår förmåga att möta denna utmaning genom att möjliggöra snabba, storskaliga förutsägelser av genfunktion och genredigering direkt från DNA-sekvenser.
I detta fyraåriga doktorandprojekt kommer kandidaten att tillämpa avancerade ML- och genomikmetoder för att förstå den genomiska grunden för ekologisk anpassning hos krill och sill - marina nyckelarter. Hos krill kommer fokus att ligga på visuell anpassning, där population- och jämförande genomik kombineras med ML-modeller för att förutsäga opsinproteiners funktionella egenskaper direkt från sekvenser. Detta möjliggör upptäckt av funktionellt viktiga mutationer mellan arter som lever i olika ljusmiljöer i haven. Det hjälper oss att förstå hur sensoriska system utvecklas i dessa arter som svar på miljögradienter, vilket är viktigt för att bedöma deras motståndskraft mot förändringar i havsmiljön. Hos sill kommer kandidaten att integrera populationsgenomik med toppmoderna ML-verktyg för att funktionellt annotera och prioritera både kodande och reglerande varianter som kan vara viktiga för anpassning i Östersjön och på andra platser. Vi kommer att utvärdera effekten av missense-mutationer i stor skala och träna djupa neurala nätverk på vävnadsspecifik ATAC-seq-data från olika vävnader (t.ex. hjärna, gälar, lever, larver) för att förutsäga reglerande aktivitet hos icke-kodande adaptiva varianter.
Tillsammans syftar dessa insatser till att bygga ett nytt och omfattande ML-drivet ramverk för att identifiera kausala varianter bakom lokal anpassning och miljökänslighet hos icke-modellorganismer som är fundamentala för marina ekosystem. Förbättrad förståelse för hur arter anpassar sig till olika miljöer är avgörande för att kunna förutse hur marint liv kommer att reagera på klimatförändringar och mänsklig påverkan under det kommande århundradet, samt för att stödja hållbar användning av marina resurser.
Publiceringsdatum2025-08-13Dina arbetsuppgifterDoktorandens huvudsakliga arbetsuppgifter är att ägna sig åt forskarutbildning, vilket inkluderar deltagande i forskningsprojekt och forskarutbildningskurser. Projektet är huvudsakligen inriktat på bioinformatik och datorbaserade analyser. Arbetsuppgifterna kan även inkludera undervisning och andra institutionella uppgifter (högst 20 % av heltid).
Behörighetskrav
För att uppfylla behörighetskraven till forskarutbildning ska du ha:
en magisterexamen (avancerad nivå) i bioinformatik, datavetenskap, biologi, populations- eller funktionell genomik, eller liknande område, eller
fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 hp, eller
förvärvat motsvarande kunskaper på annat sätt
dokumenterad erfarenhet av att använda Linux/UNIX, programmering/skriftning (t.ex. Python, Bash, Perl) samt statistiska analyser (t.ex. R)
erfarenhet av att arbeta med nästa generations sekvenseringsdata (NGS)
grundläggande förståelse för och intresse av biologisk mångfald och evolution
god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska
stark förmåga att självständigt planera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
kreativitet och god samarbetsförmåga
Mer information om behörighetskraven finns här.
https://www.uu.se/medarbetare/vetenskapsomrade/medicin-och-farmaci/utbildning-och-undervisning/utbildning-pa-forskarnivaUrvalet baseras på följande kriterier
Urvalet baseras på ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, kursernas relevans för forskningsområdet, tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom området som beskrivs ovan. En integrerad bedömning görs för att anställa den bäst lämpade kandidaten som kan lyckas med forskarutbildningen och bidra till en positiv utveckling av forskningsprogrammet. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom analytisk förmåga, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga.
Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.
https://www.uu.se/medarbetare/organisation-styrning/regler/Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på "Ansök här" eller se Uppsala universitets hemsida:
https://uu.se/jobb/Om anställningen
Anställningen är en tidsbegränsad doktorandanställning enligt Högskoleförordningen kap. 5 § 7. Sysselsättningsgrad: 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placering: Uppsala.
För ytterligare information, kontakta Andreas Wallberg:
andreas.wallberg@imbim.uu.seAnsökan: vänligen skicka in din ansökan via Uppsala universitets ansökningsportal och bifoga: CV, ett brev som beskriver ditt forskningsintresse och dina färdigheter, kopia av magisteruppsats (eller utkast/annan teknisk eller vetenskaplig text du har skrivit), publikationer och andra relevanta dokument, kontaktuppgifter till två referenspersoner (telefonnummer och e-postadress).
Välkommen med din ansökan senast den10 september 2025, UFV-PA 2025/2422.
Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.
Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.
Ersättning Enligt lokalt avtal
Så ansöker du Sista dag att ansöka är 2025-09-10
Klicka på denna länk för att göra din ansökan Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2025/2422".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)
Arbetsplats Uppsala universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Kontakt Andreas Wallberg
andreas.wallberg@imbim.uu.se Jobbnummer 9456516