Bioinformatiker till Epihubben

Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper / Kemiingenjörsjobb / Uppsala
Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på nya jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper

Visa alla kemiingenjörsjobb i Uppsala, Östhammar, Sigtuna, Österåker, Håbo eller i hela Sverige
Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper i Uppsala

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.

Institutionen för kirurgiska vetenskaper vid Uppsala Universitet är en institution med ca 160 anställda och över 600 personer som är associerade via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.surgsci.uu.se.

Publiceringsdatum
2022-10-06

Beskrivning
Den fysiska placeringen av arbetet som bioinformatiker kommer att vara EpiHubben, en institutionsövergripande forskningsenhet inom epidemiologi vid Vetenskapsområdet för medicin och farmaci. En av forskargrupperna med placering inom Epihubben är Medicinsk epidemiologi vid IKV. Syftet med Epihubben är att med gemensam kraft lägga en långsiktig grund för utvecklad epidemiologisk forskning. Vid enheten finns cirka 40 forskare och statistiker som kommer från olika institutioner.

Forskningsinfrastrukturen SIMPLER har till uppgift att förse nationella och internationella forskare med material för forskning om hur livsstilsfaktorer och genetik påverkar vår hälsa under framför allt den senare delen av livet. SIMPLER består av en longitudinell kohort med 110000 deltagare, en stor och växande databas och en biobank med mer än 500000 prover. Deltagarna har följts upp till 35 år och under denna tid upprepat besvarat frågeformulär om levnadsvanor, hälsa och välbefinnande. Sjukdomsinformation har också hämtats från mer än 20 hälsoregister, några via årliga uppföljningar. Vår kombination av longitudinella livsstilsundersökningar, registerinformation och omicsanalyser ger forskarna en unik möjlighet att bättre förstå sjukdomars uppkomst.

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på "Ansök här" eller se Uppsala universitets hemsida https://uu.se/jobb/

Dina arbetsuppgifter
Vi söker nu en mycket motiverad och noggrann bioinformatiker med intresse för epidemiologi och olika typer av omicsdata (genomik, proteomik, metabolomik, och mikrobiota). Medarbetaren skall utföra arbete med kvalitetskontroll, uppbyggnad av databaser, databashantering, datahantering och flyttning av data, samt statistiska analyser. Utöver att serva forskningsprojekt med data kommer också analys- och databearbetningsrelaterade uppgifter inom forskningsprojekt med olika typer av data att ingå i arbetsuppgifterna. Viss tid kommer att kunna avsättas för egen forskning. Tjänsten innebär också ett nära samarbete med övriga medarbetare inom SIMPLER:s ledningsfunktion.

I rollen som bioinformatiker har du även följande arbetsuppgifter:

- Huvudansvar inom SIMPLER för bioinformatiska uppgifter och frågeställningar
- Förvalta behörigheter och mappstrukturer i serversystem samt utveckla databashanteringen inom SIMPLER
- Utveckla programvara kopplad till bioinformatikuppgifter i UNIX/Linux-miljö
- Hantera stora komplexa datamängder och beräkningsintensiva program på fjärrservrar med hjälp av köhanteringssystem
- Validera, filtrera, förbereda genetiska data, proteomik- och metabolomikdata samt mikrobiotadata för analys samt genomföra statistiska analyser
- Föra detaljerad dokumentation av utförda analys- och datahanteringssteg
- Bistå forskargrupper med allmän expertis inom bioinformatik

Kvalifikationskrav

- Masterexamen i bioinformatik, programmering, epidemiologi eller annan relevant utbildning
- Omfattande dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk analys av omicsdata
- Erfarenhet av databashantering och avancerad datahantering
- Erfarenhet av arbete i Linux/UNIX-servermiljö, inklusive skriptspråk
- Mycket god förmåga att arbeta självständigt och samarbeta med olika forskargrupper
- Erfarenhet av att arbeta metodiskt och strukturerat
- Intresse av att dokumentera utvecklade verktyg, metoder och resultat noggrant
- Utmärkt förmåga till kommunikation i tal och skrift på engelska
- Mycket god samarbetsförmåga

Övrigt/Meriterande

- Doktorsexamen i relevant ämne
- Erfarenhet av att arbeta med genomik-, proteomik-, metabolomik- och mikrobiotadata inklusive validering av sådana data
- Praktisk erfarenhet av att utföra imputering av genotypiska humandata
- Praktisk kunskap inom medicinsk statistik och statistisk programmering, helst i R eller Stata, men också specifika programvaror för genetisk analys såsom PLINK, SNPTEST och IMPUTE2
- Författarskap i peer-granskade vetenskapliga publikationer av hög kvalitet
- Erfarenhet av epidemiologisk forskning
- Programmeringskunskaper i html eller/och JavaScript

Så ansöker du
Följande dokument ska lämnas in med din ansökan:

- Personligt brev (max 2 sidor) där du kort beskriver dig själv och dina forskningsintressen samt motivering till varför du söker denna position
- Curriculum vitae
- Fullständig publikationslista
- Kopior av examensbevis och betyg, samt magister- eller masteruppsats eller andra relevanta dokument
- Namn och kontaktuppgifter på två referenser

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast eller efter överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning. 6 månaders provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Karl Michaëlsson, epostadress karl.michaelsson@surgsci.uu.se eller prefekt Liisa Byberg, epostadress liisa.byberg@surgsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 30e november 2022, UFV-PA 2022/3551.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Varaktighet, arbetstid
100%. Tillträde: Efter överenskommelse Tillsvidareanställning

Ersättning
Individuell lönesättning

Så ansöker du
Sista dag att ansöka är 2022-11-30
Klicka på denna länk för att göra din ansökan

Företag
Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper

Arbetsgivarens referens
Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2022/3551".

Omfattning
Detta är ett heltidsjobb.

Arbetsgivare
Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)

Arbetsplats
Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper

Jobbnummer
7047651

Observera att sista ansökningsdag har passerat.

Prenumerera på jobb från Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper

Fyll i din e-postadress för att få e-postnotifiering när det dyker upp fler lediga jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för kirurgiska vetenskaper: