Bioinformatiker - Clinical Genomics Uppsala
Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p / Kemiingenjörsjobb / Uppsala
2020-04-30
Observera att sista ansökningsdag har passerat.
➡️ Klicka här för den senare publicerade platsannonsen "Bioinformatiker - Clinical Genomics Uppsala" (publicerad 2022-05-18) ⬅️
Visa alla kemiingenjörsjobb i Uppsala,
Östhammar,
Sigtuna,
Österåker,
Håbo eller i
hela Sverige Visa alla jobb hos Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och p i Uppsala,
Solna eller i
hela Sverige Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.
Clinical Genomics Uppsala med uppdrag att utveckla bioinformatiska system och datahantering för Science for Life Laboratory faciliteten Clinical Genomics Uppsala.
Vill du göra skillnad för patienter med cancer?
Vi söker en bioinformatiker för att driva utveckling av bioinformatiska analyser för att etablera ny avancerad genetisk diagnostik för sjukvården. Tjänsten är en tillsvidareanställning.
Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (
http://www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan.
Clinical Genomics Uppsala är sedan starten 2013 en del av Diagnostics Development inom Science for Life Laboratory. Den bioinformatiska verksamheten är förlagd till Uppsala universitet, medan laboratoriearbetet utförs vid kliniska laboratorier på Uppsala Akademiska Sjukhus. Enhetens uppdrag är att bedriva service och utveckling för kliniknära forskning, samt att ta fram och tillhandahålla kliniska test, främst med hjälp av storskalig DNA-sekvensering, s.k. next-generation sequencing (NGS). I multidisciplinära team med bioinformatiker, genetiker och läkare levererar faciliteten kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter. Testarna är framför allt inriktade mot ärftliga sjukdomar och olika former av cancer och för närvarande analyseras över 3000 kliniska prover per år med de metoder som faciliteten tillhandahåller. Eftersom genetisk diagnostik efterfrågas inom allt fler kliniska discipliner pekar prognosen på en stark tillväxt även kommande år.
Arbetsuppgifter: Arbetsuppgifterna definieras utifrån kompetens och intresse, men kommer framför allt fokusera på att tillsammans med Genomics Medicine Sweden (GMS) och Barntumörbanken driva utvecklingen av helgenomanalyser vid cancersjukdomar. Vi ser gärna att sökande är intresserad av att ta en aktiv roll i de olika nationella utvecklingsprojekten som rör kliniska helgenomanalyser. Arbetet kommer till stor del bestå i att utvärdera, utveckla och automatisera robusta pipelines för att analysera NGS data för kliniskt bruk, samt att ta fram system för att dela information om varianter internt och externt. Ett specifikt uppdrag är även att arbeta med visualisering av bland annat strukturell variation för att underlätta klinisk tolkning och rapportering. Samarbetet med anställda inom sjukvården och förmåga att utveckla analysmetoder för skarpa kliniska frågeställningar är därför centralt. Eftersom verksamheten hanterar känsliga kliniska data är frågor kring datasäkerhet viktiga. Faciliteten har ett eget kluster där arbetet i huvudsak kommer att utföras. Utvecklingsarbetet sker även i form av nationella forskningsprojekt på UPPMAX beräkningskluster för känsliga data. Klinisk genomik är ett nytt och intensivt forskningsområde och den anställde kommer att ha möjlighet att bidra till publicering och presentation av både tekniska och biologiska resultat och metoder.
Den anställde kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, läkare, sjukhusgenetiker och molekylärbiologer inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.
Kvalifikationskrav:
• Mastersexamen eller liknande i ämne med anknytning till tjänsten t.ex. bioinformatik, bioteknik, datavetenskap eller motsvarande fält.
• Dokumenterad förmåga inom ett eller flera scriptspråk (t ex Bash/Perl/Python).
• Erfarenhet av att arbeta med NGS i linuxmiljö på beräkningskluster.
• Kännedom om git, conda och pipelineverktyg som Snakemake eller Nextflow.
• Grundläggande kunskaper om databashantering.
• Flytande svenska och engelska.
Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.
Önskvärt och/eller meriterande i övrigt:
Doktorsexamen inom bioinformatik, genetik eller liknande fält. Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift önskvärt. Vi ser gärna sökande med kunskap om cancergenetik, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik. Tidigare erfarenheter av CNV-analyser baserat på helexom- eller helgenomdata är meriterande. Vi värdesätter också erfarenhet av analys av balanserad och obalanserad strukturell variation samt transkriptomanalys. Det är också meriterande med kunskaper om analys av sekvens från long-read tekniker. Tidigare erfarenheter av mjukvarucontainers (t.ex. Docker / Singularity) alternativt automatiseringssystem (t.ex Stackstorm) är också meriterande.
Lön: Individuell lönesättning.
Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse.
Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.
Anställningens omfattning: 100 %.
Upplysningar om anställningen lämnas av: Malin Melin, , 018-4714656
Välkommen med din ansökan senast den 18 maj 2020, UFV-PA 2020/1536.
Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.
Varaktighet, arbetstid
100%. Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse Tillsvidareanställning
Publiceringsdatum2020-04-30ErsättningIndividuell lönesättning
Så ansöker duSista dag att ansöka är 2020-05-18
Klicka på denna länk för att göra din ansökanFöretagUppsala universitet, institutionen för immunologi, genetik och p
Arbetsgivarens referens Arbetsgivarens referens för detta jobb är "UFV-PA 2020/1536".
Omfattning Detta är ett heltidsjobb.
Arbetsgivare Uppsala Universitet (org.nr 202100-2932)
Arbetsplats Uppsala universitet, institutionen för immunologi, genetik och patologi.
Jobbnummer 5209039
Observera att sista ansökningsdag har passerat.